Merneptah đã cao tuổi khi ông lên ngôi[8]. Merneptah chuyển trung tâm hành chính của Ai Cập từ Piramesse (Pi-Ramesses), kinh đô của cha ông, quay về Memphis, nơi ông xây dựng một cung điện hoàng gia bên cạnh đền thờ của thần Ptah.

Tuy nhiên, sự kế vị của Seti II đã bị thách thức: một vị vua đối thủ có tên là Amenmesse, người là một con trai của Merneptah với Takhat hay, ít khả năng hơn là của Ramesses II, đã nắm quyền kiểm soát Thượng Ai Cập và Kush trong thời gian giữa vương triều trị vì của Seti II. Seti đã có thể đã tái khẳng định quyền lực của mình ở Thebes trong năm thứ năm của ông ta, chỉ sau khi ông đánh bại Amenmesse. Có thể trước khi chiếm lấy Thượng Ai Cập, Amenmesse đã được biết đến như là Messui và đã là phó vương của Kush.